Krzyżacy zajmując w 1308 roku Pomorze Gdańskie, zajęli Gdańsk właściwie za zgodą Polaków, bez walki. Mieli w założeniu tylko pomóc odeprzeć atak Brandenburczyków i odejść. Zamiast tego po wyparciu Brandenburczyków, być może pozorowanym, bo całkiem możliwe jest, że już wcześniej zawarli z nimi tajne przymierze, urządzili w Gdańsku czystkę etniczną mordując większość mieszkających tam Polaków. Jednocześnie ciągle bez walki, jako sojusznicy zajęli Tczew i ani myśleli z tych miast ustąpić.
Widzieli o słabości Władysława Łokietka i słusznie przewidywali, że nie jest on w stanie skutecznie upomnieć się o Pomorze, bo Polska była jeszcze właściwie rozbita na księstwa i słaba. Nie wyczuwając oporu Krzyżacy w 1309 roku ruszyli dalej na południe ale było już jasne, że nie są sojusznikami, więc Świecie broniło się przed nimi 2 miesiące. Zdobycie Pomorza Gdańskiego przez Krzyżaków doprowadziło do tego, że ich państwo zaczęło graniczyć z Brandenburgią co zapewniło im łączność ze wszystkimi państwami niemieckimi, w których prowadzili nabór nowych braci. Było też powodem przeniesienia siedziby Wielkiego Mistrza z Wenecji do Malborka.
Taki stan rzeczy utrzymywał się ponad 150 lat, werbowani przez zakon rycerze i nie tylko rycerze ale również pospolite łotry – Krzyżacy byli jedynym zakonem, który miał zezwolenie od papieża na przyjmowanie w swoje szeregi przestępców – dostawali się bez przeszkód drogą lądową na ziemie Zakonu, którego siły wspierali lub zasilali. Przeminęło przez ten czas kilka pokoleń i na teren Pomorza Gdańskiego napłynęła ludność pochodzenia niemieckiego. Ludność największych miast - Gdańska i Elbląga – stanowili prawie wyłącznie Niemcy.
Kupcy z dużych miast całej Europy zrzeszyli się i stworzyli Hanzę, żeby kontrolować i monopolizować handel do niej dołączyli kupcy z Gdańska i Elbląga. Do tego potężnego międzynarodowego związku należało także Chełmno i Toruń. Podatki i cła nakładane przez Krzyżaków musiały Hanzie bardzo przeszkadzać, bo dławiły handel i utrudniały bogacenie się. Tak więc się stało, że silny Zakon widziany był przez członków Hanzy jako zapora na rzece złota. Nie wiadomo dlaczego historycy zajmujący się wojną, którą dzisiaj nazywamy Trzynastoletnią pomijają w ogóle fakt istnienia Hanzy, która w ówczesnej Europie była bardzo znaczącą siłą polityczną i często to właśnie ona rządziła ówczesnymi władcami. Jej mieczem, tarczą i mową było złoto.
Być może nie zachowały się dokumenty świadczące o interwencji Hanzy, która zazwyczaj działała niejawnie przekazując złoto poprzez osoby trzecie. Prawdopodobnie to właśnie ona zaaranżowała całą wojnę posługując się Kazimierzem Jagiellończykiem w celu pognębienia Krzyżaków. Ktoś zainicjował utworzenie i sfinansował działalność Związku Pruskiego, który funkcjonował mimo sprzeciwu papieża i cesarza. Ktoś dał królowi polskiemu pieniądze na zaciąg wojska, którego nie miał. Ktoś sfinansował flotę, która powstrzymała Duńczyków płynących Krzyżakom na pomoc. Czy oprócz Hanzy był jeszcze ktoś tak potężny i bogaty, żeby to zrobić?
Bitwa morska, która ostatecznie przypieczętowała klęskę Krzyżaków również musiała być sfinansowana przez Hanzę. Była to jedna z większych bitew na Bałtyku, brało w niej udział co najmniej 70 okrętów i co najmniej 3 tysiące ludzi. Połączone floty Gdańszczan i Elblążan zniszczyły flotyllę desantową Krzyżaków, którzy mieli wspomóc oblegany przez wojska polskie Gniew. Hanza nie chciała na to pozwolić, ponieważ to właśnie obsadzony Krzyżakami Gniew najbardziej przeszkadzał handlowi na Wiśle. Bitwa morska miała miejsce na Zalewie Wiślanym w pobliżu ówczesnego głównego ujścia Wisły.
Wysłanie floty desantowej z Królewca na Pomorze było w tej wojnie ostatnią krzyżacką inicjatywą. Gniew się poddał, a pokonany Zakon podpisał II pokój toruński oddając Polsce całe Pomorze Gdańskie. Prawdopodobnie właśnie o to chodziło Hanzie – żeby ujście Wisły należało do Polski, uważali króla polskiego za znacznie słabszego przeciwnika niż Zakon i bardziej podatnego na manipulacje. Polska na tym skorzystała, bo Hanza wkrótce przestała istnieć, a Pomorze Gdańskie zostało w Polsce 300 lat.
